Die aufgestauten Missstände innerhalb der deutschen Kirche, Exzesse des korrupten Klerus sowie der auf den Glauben der damaligen Zeit ausgerichtete Ablasshandel sind Ursachen für notwendige Veränderungen.
In Mecklenburg griffen kirchenreformatorische Prozesse im zweiten Viertel des 16. Jahrhunderts schnell um sich, besonders in den größeren, gesellschaftlich differenzierten Städten an der Küste.
Seit 1531 fanden in vielen Kirchen Mecklenburgs, wie 1534 in der Schelfkirche, lutherische Gottesdienste statt.
Auf dem Landtag in Sternberg, der Versammlung der mecklenburgischen Stände, wurde 1549 das evangelische Glaubensbekenntnis für ganze Mecklenburg als verbindlich erklärt. Johann Albrecht, ein Gegner jeglicher Überbleibsel aus katholischer Zeit, beendete das Treiben in der heiligen Blutkapelle. Das Christusbild verschwand, der einst so kostbare Jaspis wurde herausgebrochen, untersucht und nach offenbar befundenen Betrug mit den anderen Geräten wie der Waage öffentlich verbrannt.
Das Erwachen bürgerlichen Selbstbewußtseins führte zu kultureller Blüte. Auch in Schwerin entwickelten sich Ansätze von Humanismus und Renaissance.
1553 wird die neue Fürstenschule, heute Fridericianum, gegenüber dem Schloss eingeweiht, welche neben Dialektik, Grammatik und Rhetorik auch Musik unterrichtet.
Die Regierungsbibliothek unter dem Bibliothekar Tilemann Stella entsteht 1561. Ein für Schwerin wichtiges Projekt beginnt, eine schiffbare Verbindung zwischen Elbe und Ostsee durch den Schweriner See.
1531 bricht in der Nach zum 26. Juli in Schwerin ein Brand in der Burgstraße aus. Er weitet sich schnell über den Markt aus und zerstört neben dem Rathaus zahlreiche Häuser der Alt- und Neustadt.
Kaum sind die ersten Häuser wieder aufgebaut, bricht 1558 durch einen Blitzschlag in einem Haus am Markt erneut ein riesiges Feuer aus.
Viele Häuser der Schelfstadt und des Moores werden zerstört.
Von diesen Bränden erholt sich Schwerin nur langsam.
Eine baupolizeilichen Verordnung soll die künftige Gefahr von Brände mindern. Nicht nur öffentliche Gebäude wie das Rathaus und der Domhof, sondern auch private werden zunehmend aus Stein neu gebaut.
Die finanzielle Lage der Stadt war aber nach den Bränden schwierig. Geldanleihen waren nötig. Das Rathaus erhielt aus diesem Grunde auch erst 1575 seinen Glockenturm mit einem viertelstündlichen Schlagwerk.
An der nordöstlichen Seite des Marktes befanden sich die Fischbänke.
Aus diesem Grund hieß der nordöstliche Teil des Marktes auch Fischmarkt. Nicht weit von den Fischbänken, am Durchgang zum Dom, hatten die Bäcker ihre Brotscharren. Am unteren Teil des Marktes verkaufte die fürstlich privilegierte Apotheke neben anderen Wundermittelchen auch fremde Biere und Weine.
Das Heilig-Geist-Spital in der Schusterstraße an der Faulen Grube war
eines der wenigen Häuser, die das Feuer verschonte. So fanden hier 20 der Ärmsten der Stadt gegen ein geringes Eintrittsgeld Unterkunft.