Vom Jahre 1443 führte Heinrich IV., der Dicke, die Geschicke des Landes. Sie dauerte bis 1477 und zählte zu den traurigsten Zeiten von Schwerin und Mecklenburg.
Endlose Grenzraufereien, wüste Einfälle, Raub, Mord waren an der Tagesordnung. Der Strassenraub blühte. Es war kein Wunder, dass bei diesen Zuständen kein Geld in der Kasse war.
Die prekäre Situation verschärfte sich mit der einhergehenden Pest.
Eine bewährte, für alle Seiten vorteilhafte Variante war es, den Juden die Schuld zu geben. Die Verfolgung der Juden in Mecklenburg eskalierte im Oktober 1492, als ihnen Hostienfrevel vorgeworfen wurde und am 24.Oktober 1492 in dem kleinen, idyllisch an einem See gelegenen mecklenburgischen Städtchen Sternberg 27 Juden auf dem Scheiterhaufen verbrannt wurden. Für die angeblich geschändeten Hostien wurde auf Beschluss von Bischof und Domkapitel zu Schwerin eine sogenannte Heiligblutkapelle an die Sternberger Dorfkirche angebaut. Die Einnahmen an den Prozessionen zu dieser Kapelle wurden so präzise geregelt, dass man an den Festlegungen ablesen kann, wer an dem Judenmord verdient hat. Der Pfarrer von Sternberg, die Geistlichkeit der Sankt-Jakobi- Kirche zu Rostock und der Bischof von Schwerin.
Mit der Übernahme der Regentschaft durch Magnus II. änderten sich die Zustände zum positiven. Ein Hauptübel der Regierung Heinrichs des Dicken, die verschwenderische Hofhaltung, beseitigte er bereits im ersten Jahr seiner Regierung, indem er mit seinem Bruder Albrecht 1477 einen Vertrag über die Vereinfachung des gemeinsam zu führenden Hofhaltes schloss.
Bereits um 1478 schritt Magnus zu der besonders wichtigen und noch für die Gegenwart grundlegenden Neuordnung der Verwaltung, insbesondere der Finanzverwaltung.
Er richtete sein Augenmerk auf die Verbesserung der inneren Verhältnisse. Der Kornaufkauf der Holländer kam unter Kontrolle, der Holzverkauf, ein natürlicher Reichtum des Landes, wurde kaufmännisch verwertet und erste Pläne von  Kanalverbindungen zwischen Elbe, Elde, Schweriner See und Wismar entstanden.
Unter Herzog Magnus II. (1477 - 1503) wurde das "Große Neue Haus", das älteste heute noch erhaltene Gebäude errichtet.
Die Universität Rostock wurde 1419 zwar ohne theologische Fakultät aber mit päpstlicher Bulle von den Herzögen von Mecklenburg und dem Rat der Hansestadt Rostock als erste Universität in Norddeutschland und dem gesamten Ostseeraum gegründet.
Der Domumbau fand mit dem Nördlichen Kreuzgangflügel 1426 seinen vorläufiges Ende. Die finanzielle, nicht ganz freiwillige, Hilfe aus Stralsund kam dem Dombau zugute.1407 hatten die Stralsunder in einem Streit mit der Geistlichkeit über die Höhe der Opfergaben kurzerhand drei Priester verbrannt. Sie konnten sich vom Bann und dem Interdikt nur durch eine große Geldbuße und dem Versprechen, den Schweriner Dom zu überwölben, lösen,
Schwerin war eine für Mecklenburg typische Ackerbürgerstadt. Kleine bäuerliche Wirtschaften bestimmten das Stadtbild.
Die Häuser, an den meist unbefestigten Straßen, hatten, wie manche auch heute noch, Durchfahrten, durch die man auf die dahinterliegenden mehr oder weniger geräumigen Hofstellen kam.