Schon im 11. Jahrhundert ist auf der Schelfe eine dorfartige Siedlung von Kaufleuten nachgewiesen. Sie nutzten eine kleine Kapelle auf dieser Anhöhe. Nach der Stadtgründung im Jahre 1160 zog ein Teil der Bewohner in die neue Stadt. In den damaligen unsicheren Zeiten bot die Stadt mit ihren Befestigungsanlagen doch einen gewissen Schutz.
Einen Teil des Schelfgebietes hatte das Schweriner Domkapitel vor 1228 von Graf Heinrich I. von Schwerin erworben. Dieser stiftete dort kurz vor seinem Tode 1228 eine dem Heiligen Nikolaus (Schutzpatron der Kaufleute) gewidmete Kapelle. Bis 1553 wurde die Kapelle genutzt, danach verfiel sie zunehmend, so dass der Bau 1586 notdürftig saniert werden musste. Mit Auflösung des Bistums Schwerin im Jahre 1648 fiel die Schelfvorstadt an den Herzog von Mecklenburg. Im Verlauf des 16. und 17. Jahrhundert kam es dort immer wieder zu Brandschäden, so vernichtete 1697 ein Großfeuer 22 Häuser.
Als ein Orkan im Dezember 1703 den Turmhelm der Kirche abgerissen hatte, nahm mit dem Abbruch der baufälligen St. Nikolai-Kirche und dem Neubau der heutigen Schelfkirche an gleicher Stelle der planmäßige Ausbau der barocken Neustadt seinen Anfang. Der Entwurf der Schelfkirche stammt von dem Architekten und herzoglichen
Ingenieur-Captain Jacob Reutz, der bis zu seinem Tode im Jahre 1710 die Bauleitung inne hatte. Nach dem Tod von Reutz 1710 übernahm der Architekt, Architekturtheoretiker, Mathematiker und Theologe Leonhard Christoph Sturm, seit 1711 Baudirektor in Schwerin, die Bauleitung. Am 15. Mai 1708 wurde der Grundstein für die Kirche gelegt. Bereits zwei Jahre später war der Rohbau fertiggestellt. Finanziert wurde das neue Kirchengebäude zum Teil durch Kollekten aus den benachbarten Hansestädten Hamburg und Lübeck sowie durch Strafgelder für Steuerrückstände.
Der Tod des entwerfenden Architekten Reutz führte zu einer den Innenausbau betreffenden Planänderung durch Leonhard Christoph Sturm, der vor allem die von Reutz projektierte Anordung von Altar und Kanzel beanstandete. Die Pilaster, das Gesims und das Deckengewölbe waren, vermutlich schon 1710 begonnen, nach den Plänen von Reutz ausgeführt worden, 1711 wurde die aus Haustein gefertigten Türstöcke eingesetzt und im Ostarm die fürstliche Grablege als Gruft fertiggestellt. Ende des Jahres 1712 war der Kirchenbau vollendet.
Neben ihrer Aufgabe als Pfarrkirche für die neue Stadt diente die Schelfkirche bis 1813 als Grablege für einige Angehörige des mecklenburgischen Herzoghauses. 1858 wurde die Innenausstattung der Kirche völlig renoviert und entsprechend der Erstplanung von Jacob Reutz eingerichtet. Die Fenster und der Taufstein sind Werke der Neuausstattung von 1858. Auch die Orgel wurde von Friedrich L. T. Friese jun. erbaut und eingesetzt.
Allerdings nahm Marcus Runge 1932 eine grundlegende Umgestaltung der Orgel vor. Neben der bronzenen Nikolai-Glocke aus dem Anfang des 16. Jahrhundert bilden zwei Eisenglocken aus unserem Jahrhundert das Geläute der Schelfkirche. So ist wohl zu vermuten, dass die Turmuhr, die als älteste "öffentliche" Uhr Schwerins gilt und noch heute täglich mit der Hand aufgezogen wird, das einzige Stück ist, welches seit 1863 ohne Auswechslung und Neugestaltung das Bild der Kirche ziert.
Die Renovierung der Kirche fiel in die Amtszeit des Pfarrer Seidel, für dessen Sohn –Dichter Heinrich Seidel- am Pfarrhaus gegenüber der Kirche eine Gedenktafel angebracht wurde. 1990 konnten die Restaurierungsarbeiten an der Außenfassade abgeschlossen werden.
Die heutige Amtszeit fällt auf Pastor Fleischer, der die Kirche in Gottes Namen hütet.¹⁸